La historia comienza con un hombre moribundo en un callejón en Nueva York que le da a un joven líder de una pandilla, Ash Lynx, una misteriosa sustancia y antes de morir le da una dirección de Los Ángeles y repite las palabras "Banana Fish". Ash, se pregunta cómo se relaciona eso con su hermano, quien ha estado por años murmurando eso en un estado casi vegetativo, por lo que decide investigar, adentrándose así en un abismo de información que le resultará peligroso y esto lo llevara por una gran aventura, conociendo así una persona muy importante por ello: Eiji Okumura.
